PHP bietet einige Konfigurationseinstellungen, die die Sicherheit von PHP-Anwendungen beeinflussen. Diese Einstellungen wirken sich unter anderem darauf aus, auf welche Dateien PHP-Zugriffe zulässt, wie mit Variablen verfahren wird und welche Funktionen ausgeführt werden können.

Tabelle 5.1 enthält allgemeine sicherheitsrelevante Konfigurationen. Die Einstellungen für den PHP-Safe-Mode wurden nicht aufgeführt, da die vermeintlich gebotene Sicherheit trügerisch ist und stattdessen über getrennte Anwendungspools realisiert werden sollte. Auch Inputdaten sollen nicht automatisch maskiert werden, da die Option unterschiedliche Codierungen der Inputdaten und unterschiedliche Maskierungsarten von Datenbanken nicht ausreichend berücksichtigt.