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Es ist in vielen Webserver-Anwendungsszenarien üblich, dass eine einzelne Website Zugang zu unterschiedlichen Inhalten gewährt. In den Websites werden Webanwendungen erstellt, die auf den (physischen) Speicherort verweisen, an dem die betreffenden Dateien mit den Inhalten gespeichert sind. Eine Website für Onlinenachrichten könnte zum Beispiel zwei verschiedene Webanwendungen enthalten, eine für registrierte Benutzer und eine für nicht registrierte. Jede Webanwendung kann auf einen anderen Ordner des Computers verweisen, damit IIS ermitteln kann, wie die Anfragen zu bearbeiten sind. Webanwendungen können auch mit anderen Methoden sicherstellen, dass derselbe Inhalt (beispielsweise Nachrichten) auf beiden Sites verfügbar ist.