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Eine weitere wichtige Data-Mining-Strategie ist die Clusteranalye, eine Familie von Verfahren zum Aufspüren von Gruppen »ähnlicher« Beobachtungen in einem Datensatz. Solche Gruppen werden als Cluster bezeichnet (wörtlich etwa Anhäufungen oder Ballungen). In R stehen für Clusteranalysen verschiedene Funktionen zur Verfügung.