eSet

Die Klasse eSet ist eine virtuelle S4-Klasse, die die Grundlage für verschiedene andere Klassen bildet und für die viele Methoden definiert sind. In Objekten einer auf eSet basierenden Klasse lassen sich alle relevanten Informationen eines Massendatenexperiments gebündelt ablegen: Expressionsdaten, Metadaten zur Beschreibung des Experiments, Annotationen zum verwendeten Chip oder zur Technologie und eine Beschreibung des Experiments selbst.

Von eSet sind viele andere Klassen abgeleitet: In Biobase selbst sind die Klassen ExpressionSet und MultiSet (beide für High-Throughput-Expression-Assays), SnpSet (für High-Throughput-SNP-Assays) und NChannelSet (für Multichannel-Arrays) von eSet abgeleitet. Im affy-Paket erbt AffyBatch (zur Repräsentation von Affymetrix-GeneChip-Sondendaten) von eSet. Im lumi-Paket basiert LumiBatch (zur Repräsentation von Illumina-Microarray-Daten) auf eSet. Im Paket oligoClasses sind die Klassen SnpLevelSet, SnpCallSet, SnpCopyNumberSet, oligoSnpSet und SnpCallSetPlus von eSet abgeleitet.